热水锅炉操作简单，增减燃煤量只需改变炉排转速，或改变煤闸门的高度来改变煤层厚度。但链条热水锅炉对煤种的适应性较差。采用分段送风、设炉拱或二次风，情况有所改善，但在运行中还存在如下问题：
1、由于煤仓中的煤向下的垂直压力较大，加上与煤闸板的挤压，使得进入炉中的煤层比较密实。
2、煤层都是由一些颗粒大小不等的煤粒混合在一起构成的，常称为煤的粒径无序掺混。
3、煤经过运煤装置向下卸至贮煤仓时，快状煤易向两侧滚动，因此常造成炉排上的炉层分布不均匀，两侧块煤多而中部细碎煤粒较多。
由于上述原因造成煤层透气性差，通风阻力大，送风机电耗增加;炉排上通风分布不均，易于形成“火口”，使热水锅炉炉膛内过量空气系数要求偏大，或漏煤量较多;炉排两侧块煤多通风阻力小，易漏入冷空气使炉温下降，过量空气系数上升。最终结果是煤不易烧透，排渣含碳量高，锅炉效率和出力都下降。
链条热水锅炉中，燃料单面引燃，着火条件较差，同时在整个燃烧过程中
，锅炉炉膛燃烧层本身没有自动扰动作用，拨火工作仍需借助力。这就使燃料性质对链条热水锅炉的工作有很大的影响。
粘结性强的煤，当受到炉内高温作用时，火床表面层形成板状结焦，运行正必须进行繁重的拨火操作，甚至有时由于通风不佳，使燃烧不能连续进行，所以在链条热水锅炉中燃用强粘结性的煤是不适宜的。相反，贫煤在受热时易破碎成细屑，而使飞灰带走和锅炉炉排漏煤损失增大。